zoolog, arkeolog, universitetslärare. Född i Alfastorp af Asmundstorps socken i Skåne d. mars 1787. Föräldrar: landtbrukaren Nils Nilsson och Thora Svensdotter.
N. blef student i Lund 1806 och promoverades 1811 till filos. magister. Då prof. A. J. Retzius anmodat honom att kvarstanna vid universitetet, utgaf N. 1812 en akademisk afhandling De variis mammalia disponendi modis och kallades s. å. till docent i naturalhistoria samt amanuens vid Lunds universitets naturaliekabinett. Vintern 1815--16 tillbrakte han i Köpenhamn, för att studera geologi hos statsrådet Wad och anatomi hos prosektorn Gebbard. Med sin färd till nordliga Norge 1816 började han raden af sina forskningsresor, företagna icke blott inom den skandinaviska norden, utan många gånger till utlandet. Under dessa resor sysselsatte han sig hufvudsakligen med däggdjurens och fåglarnas klasser men företog äfven etnografiska och arkeologiska forskningar, lät afteckna folkdräkter, uppletade fornsaker, upptecknade traditioner samt gjorde allehanda samlingar och studier för en blifvande naturbeskrifning öfver Skåne. Utnämnd 1816 till ekonomie adjunkt, aflade han två år senare med. kand. exam. och förordnades 1819 till intendent vid förenämnda naturaliekabinett, hvilken institution, grundlagd af Retzius, under N:s händer vann en rik och hastig utveckling. 1821 erhöll han professors namn, heder och värdighet och året därefter professors lönetur. 1826--27 företog han å offentligt uppdrag undersökningar af fiskeriförhållandena vid västkusten och fortsatte därmed 1832. Han var då sedan 1828 intendent vid Vetenskapsakademiens i Stockholm zoologiska samling. Detta nu så rika och utmärkta museum, som, då det af N. öfvertogs, befann sig i det uslaste skick, förflyttades af honom 1829 från akademiens gamla hus vid St. Nygatan till dess egendom vid Drottninggatan, ordnades på ett tidsenligt sätt och ökades hastigt dels genom gåfva af den stora Grillska samlingen på Söderfors, dels genom insända naturföremål från jägare och zoologer, med hvilka N. satte sig i förbindelse. Före sin afresa till Stockholm hade N. bevistat det naturforskaremöte, som 1828 hölls i Berlin. Som hans intendentsbefattning vid Vetenskapsakademien endast stödde sig på konstitutorial, beslöt han vid prof. Falléns frånfälle 1830 att söka kommabesittning af dennes professur i naturalhistoria vid Lunds universitet. Han föreslog därför och fick till efterträdare vid Riksmuseum docenten Bengt Fries. Vid sin återkomst till Lund 1831 förordnades han att förestå naturhistoriska professuren och utnämndes 1832 efter en skarp befordringsstrid till innehafvare af denna lärostol, som intill 1837 omfattade jämte zoologi äfven mineralogi. Därmed vidtog ett nytt skede af hans bana. Emellertid hade han redan under det nu tillryggalagda utvecklat en betydelsefull vetenskaplig skriftställareverksamhet. Anseende såsom själfständig forskare hade lina förstvunnit genom sitt grundliga arbete Ornithologia suecica, tryckt i Köpenhamn, I 1819 och II 1821. Därpå följde de två första delarna af Skandinavisk fauna, d. 1 Däggdjuren,1820; d. II, Fåglarna, utgörande en bearbetning af Ornithologia suecica, 1824--28. Dessutom hade han i det 1822 utkomna arbetet Historia molluscorum Sveciae terrestrium et fluviatilium framlagt resultaten af sina studier af lands- och sötvattensmolluskerna. Hans undersökningar af petrifikaten i de skånska sandstens-, stenkols- och kritlagren gåfvo upphof till hans Petrificata svecana formationis cretaceae 1827.
1838 lät han viga sig till präst och erhöll s. å. fullmakt att vara kyrkoherde i Nöbbelöf och Skifvarps pastorat såsom personligt prebende, afgick från professionen såsom emeritus 1856, blef filosofie jubeldoktor 1862 samt medicine hedersdoktor vid Lunds jubelfest 1868. Ledamot af Vetenskapsakademien hade han blifvit redan 1821 och var slutligen vid sia död, som inträffade i Lund d. 30 nov. 1883, ledamot eller heders-ledamot af mer än trettio in- och utländska lärdomssamfund. Af Vetenskapsakademien hugnades han 1836 och 1856 med dess stora Linnéanska guldmedalj, och af Svenska akademien fick han 1862 mottaga Carl XIV Johans pris för literära förtjänster.
»Hvar och en, som något skall framtränga på naturforskningens bana» -- säger prof. Fries i en biografi öfver N. -- »måste ovillkorligen ägna sig däråt, medan sinnet är öppet för naturens intryck, för den rena kärlek, som älskar utan att fråga hvarför? Det var under denna ålder, N. grundlade den skärpta iakttagelseförmåga, hvilken ur denna konkreta världen framtvingar den abstrakta sanningen; ur nämnda skola utgick han för att grundlägga en ny aera för zoologiens studium i Sverige, liksom sedermera ur barndomens dunkla sagovärld småningom Skandinaviens urinnevånare för honom klarnade».
Med oförtröttad flit fortsatte N. såsom professor sina forskningar och sitt författarskap. Såsom en ny frukt däraf är att nämna det betydelsefulla arbetet Illuminerade figurer till Skandinaviens fauna, I 1832; II 1840, upptagande tillsammans 200 planscher, af V. och M. von Wright samt M. Körner. Följde så 3:dje delen af Skandinavisk fauna, Amfibierna, 1842, och till sist 4:de delen, Fiskarne, 1852--55. Härmed afslutades »Nilssons fauna», ett nationalverk, som, ehuru till innehållet strängt vetenskapligt, är af ett så underhållande framställningssätt, att det af allmänheten omfattats med lifligare intresse än något annat vetenskapligt verk. Genom sina forskningar inom den förgångna djurvärld, som gömmer sig i våra yngre jordbildningar, hade N. kommit ett godt stycke in på geologien, och därifrån var steget endast helt kort till fornforskningen. Samtidigt med statsrådet Thomsen i Köpenhamn hade han under sina studier kommit till insikt om, att den förhistoriska tiden Norden måste indelas i tre stora tidsåldrar, en sten-, en brons- och en järnålder, representerade skilda och hvarandra efterföljande bildningsperioder i det mänskliga utvecklingsarbetet. I inledningen till andra upplagan af sin fågelfauna, 1834, framställde han först sina åsikter om den arkeologiska etnografin, men utvecklade den kort därefter fullständigt i sitt ryktbara arbete Skandinaviska Nordens urinvånare, 4 häft. 1838--43. Detta stora verk, som utkommit nya upplagor, och öfversatts på tyska, engelska och franska, gjorde hans namn kändt både i den gamla och nya världen såsom en af grundläggarne till den moderna jämförande fornkunskapen.
Efter N. har ett fossilt växtsläkte Nilssonia blifvit uppkalladt, liksom åtskilliga djur- och växtarter efter honom ha erhållit sina namn.
Gift 1824 med Elisabet Cecilia Berg.
